Certaines versions PAL de Super Paper Mario souffrent d'un bug de progression provoquant le freeze (blocage) de la console. Le bug ne se produit toutefois que si le jeu est paramétré en langue anglaise, espagnole ou allemande. Le point sensible se situe au chapitre 2-2 du jeu, après avoir fait la connaissance de Mimi, vous devez parler avec elle et prendre la clef qui se trouve à ses côtés avant de suivre ses instructions. Nintendo a d'ores et déjà proposé de remplacer les versions défectueuses.